1898年9月，谭嗣同带病入京，任四品卿衔军机章京，同杨锐、林旭、刘光第参与新政，称军机四卿，担任拆阅章奏、起草上谕的工作。13日，光绪帝密诏康有为，声言“郑位几不保”。谭嗣同主张请新建军督办袁世凯相助，于是深夜探访，约定由袁杀荣禄以除旧党，结果被出卖，慈禧再度训政，光绪遭禁，“六君子”于9月25日被捕。被捕前一日，日本友人劝其东游避难，但谭嗣同决心用自己的鲜血唤醒民众，说：“各国变法，无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始！”被捕后题诗狱壁曰：“望门投宿思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑！”临终尚念：“有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉！”从容就戮。谭嗣同的殉难，是一个思想家有意作出的抉择，是他的仁学思想发展的极致。他用自己殷红的鲜血为其仁学打了一个醒目的惊叹号！
仁之乱也，则于其名。名忽彼而忽此，视权势之所积；名时重而时轻视习俗之所尚。甲亦一名也，乙亦一名也，则相持。名名也，不名亦名也，则相诡。名本无实体，故易乱。名乱焉，而仁从之，是非名罪也，主张名者之罪也。俗学陋行，动言名教，敬若天命而不敢渝，畏若国宪而不敢议。嗟乎！以名为教，则其教已为实之宾，而决非实也。又况名者，由人创造，上以制其下，而不能不奉之，则数千年来，三纲五伦之惨祸烈毒，由是酷焉矣。君以名桎臣，官以名轭民，父以名压子，夫以名困妻，兄弟朋友各挟一名以相抗拒，而仁尚有少存焉者得乎？然而仁之乱于名也，亦其势自然也。中国积以威刑箝制天下，则不得不广立名为箝制之器。如曰"仁"，则共名也，君父以责臣子，臣子亦可反之君父，于箝制之术不便，故不能不有忠孝廉节等一切分别等衰之名，乃得以责臣子曰："尔胡不忠，尔胡不孝，是当放逐也，是当诛戮也。"忠孝既为臣子之专名，则终必不能以此反之。姓或他有所摭，意欲诘诉，而终不敌忠孝之名为名教之所出，反更益其罪，曰"怨望"，曰"觖望"，曰"怏怏"，曰"腹诽"，曰"讪谤"，曰"亡等"，曰"大逆不道"。是则以为当放逐，放逐之而已矣；当诛戮，诛戮之而已矣；曾不若狐豚之被絷缚屠杀也，犹得奋荡呼号，以声其痛楚，而人不之责也。施者固泰然居之而不疑，天下亦从而和之曰："得罪名教，法宜至此。"而逄、比、屈原、伯奇、申生之流，遂衔冤饮恨于万古之长夜，无由别白其美。实不幸更不逮逢、比诸人之遭，则转厚被之以恶名。《易》曰："丰其蔀，日中见斗。"此其黑暗，岂非名教之为之蔀耶？然名教也者，名犹依倚乎教也。降而弥甚，变本加厉，乃亡其教而虚牵于名，抑惮乎名而竟不敢言教，一若西人乃有教，吾一言教即陷于夷狄异端也者。凡从耶教，则谓之教民，煌煌然见于谕旨，见于奏牍，见于檄移文告，是耶教有民，孔教无民矣。又遇中外交涉事，则曰："民教相安"，或曰："反教为民"，煌煌然见于谕旨，见于奏牍，见于檄移文告，是惮乎教之名，而世甘以教专让于人，而甘自居为无教之民矣。嗟乎！因卫教而立名，不谓名之弊乃累教如此也！
生民之初，本无所谓君臣，则皆民也。民不能相治，亦不暇治，于是共举一民为君。夫曰共举之，则非君择民，而民择君也。夫曰共举之，则其分际又非甚远于民，而不下侪于民也。夫曰共举之，则因有民而后有君；君末也，民本也。天下无有因末而累及本者，亦岂可因君而累及民哉？夫曰共举之，则且必可共废之。君也者，为民办事者也；臣也者，助办民事者也。赋税之取于民，所以为办民事之资也。如此而事犹不办，事不办而易其人，亦天下之通义也。观夫乡社赛会，必择举一长，使治会事，用人理财之权咸隶焉。长不足以长则易之，虽愚夫愿农，犹知其然矣；何独于君而不然？岂谓举之戴之，乃以竭天下之身命膏血，供其盘乐怠傲，骄奢而淫杀乎？供一身之不足，又滥纵其百官，又欲传之世世万代子孙，一切酷毒不可思议之法，由此其繁兴矣。民之俯首帖耳，恬然坐受其鼎镬刀锯，不以为怪，固已大可怪矣，而君之亡犹欲为之死节。故夫死节之说，未有如是之大悖者矣。君亦一民也，且较之寻常之民而更为末也。民之于民，无相为死之理；本之与末，更无相为死之理。然则古之死节者，乃皆不然乎？请为一大言所之曰："止有死事的道理，决无死君的道理。"死君者，宦官宫妾之为爱，匹夫匹妇之为谅也。人之甘为宦官官妾，而不免于匹夫匹妇，又何诛焉？夫曰共举之，犹得曰吾死吾所共举，非死君也；独何以解于后世之君，皆以兵强马大力征经营而夺取之，本非自然共戴者乎！况又有满、汉种类之见，奴役天下者乎！夫彼奴役天下者，固甚乐民之为其死节矣。
世间无淫，亦无能淫者；无杀，亦无能杀者；有善，故无恶；无恶，故善之名可以不立。佛说："自无始来，颠倒迷误，执妄为真。"当夫生命之初，不问何一入出而偏执一义，习之数千年，遂确然定为善恶之名。甚矣众生之颠倒也，反谓不颠倒者颠倒！颠倒生分别，分别生名。颠倒，故分别亦颠倒。谓不颠倒者颠倒，故名亦颠倒。颠倒，习也，非性也。
戒淫者曰："而勿淫"，是淫之心由是而启也。不惟人以为禁为耻为讳，又自禁之，自耻之，自讳之，岂不以此中有至甘焉，深耽笃嗜，惟恐人之讥责，而早为之地耶？迂儒乃曰："以此防民，民犹有踰者，奈何去之？"是果以防为足断淫耶？淫者自淫，防岂能断耶？不淫自不淫，抑岂防之力耶？且逆水而防，防愈厚，水力亦愈猛，终必一溃决，泛滥之患，遂不可收拾矣。水患，防所激成，淫祸亦禁与耻与讳所激成也。
各教教主，皆自匹夫一意孤行而创之者也。盖心力之实体，莫大于慈悲。慈悲则我视人平等，而我以无畏；人视我平等，而人亦以无畏。无畏则无所用机矣。佛一名"大无畏"。其度人也，曰："施无畏。"无畏有五，曰：无死畏，无恶名畏，无不活畏，无恶道畏，乃至无大众威德畏。而非慈悲则无以度之。故慈悲为心力之实体。今夫向人涕泣陈诉，恻怛沈痛，则莫不暂释其机心而哀怜之。彼伪悲而不慈，奚足感人若此，又况以天地民物为无量之大慈悲乎！